El filo Cercozoa incluye a la mayoría de protozoos que se alimentan por medio de filopodios (pseudópodos filiformes). Tiene varias clases, de las cuales una, Phytomyxea (nom. bot.: Plasmodiophoromycetes), es estudiada tradicionalmente por los micólogos. Aunque en la bibliografía clásica suele aparecer junto a los mohos mucilaginosos, ya vimos en el cladograma que se incluyen en el clado Rhizaria, más próximo a los falsos hongos del reino Chromista.

En esta clase hay dos órdenes, Phagomyxida y Plasmodiophorida. Este último es el más importande, denominado Plasmodiophorales por los micólogos.

Este orden agrupa a hongos con plasmodios endoparásitos intracelulares obligados de plantas vasculares, hongos y algas. Suelen provocar hipertrofias e hiperplasias (estos desarrollos anormales en el hospedante significan más nutrientes para los parásitos). Los más problemáticos para la Agricultura son parásitos de suelo. También es importante su papel como vectores de virus.

La familia Endemosarcidae incluye al género Endemosarca, con varias especies endoparásitas de protozoos ciliados.

La familia más importante es Plasmodiophoridae (nom. bot.: Plasmodiophoraceae), con ± 15 géneros. La especie más conocida es Plasmodiophora brassicae, que causa la hernia o potra de la raíz de las crucíferas (especialmente col y coliflor, así como numerosas malas hierbas y crucíferas silvestres). El síntoma típico es la presencia de raíces muy deformadas, esféricas, ahusadas o más o menos amorfas, aunque no huecas. La parte aérea no resulta afectada al principio, pero la absorción de agua es menor y puede darse una marchitez de mediodía (las plantas se recuperan por la noche). Las raíces pueden ser desintegradas posteriormente por organismos secundarios. Las plantas jóvenes son más sensibles que las adultas.

Ciclo vital: en los restos de raíces hinchadas hay numerosas esporas de resistencia haploides. Éstas germinan y dan lugar a una zoóspora biflagelada, que llega a los pelos radicales, se pega a ellos mediante un apresorio, y gracias a una diminuta espina, inyecta su contenido en el hospedante. Esta especie de ameba se convierte en uno o varios plasmodios (primarios o esporangiales), que se alimentan del contenido celular y provocan las deformaciones típicas. Más tarde, todo el plasmodio se convertirá en un zoosporangio, dentro del cual se formarán 4-8 zoósporas que se descargarán por un tubo de germinación.

Dichas zoósporas pueden funcionar como gametos, fusionarse y dar lugar a un plasmodio (secundario o esporógeno) en el que ocurrirá la cariogamia y, tras la meiosis, se formarán las esporas de resistencia o quistes, que pueden permanecer mucho tiempo en el suelo (hasta 20 años) y cierran el ciclo. Las malas hierbas pueden ser hospedantes alternativos de este hongo (incluso las no crucíferas). La dispersión de este hongo no se realiza por el aire, sino que se debe al transporte de plantas enfermas y suelo contaminado por quistes.

El control más lógico de esta enfermedad consiste en no plantar crucíferas en lugares infectados. Si no hay más remedio, el terreno debe estar bien drenado y su pH debe ser al menos de 7,2 (lo que inhibe la germinación de las esporas). La desinfección del suelo resulta prohibitiva en terrenos extensos, por lo que es preferible el empleo de variedades resistentes (no siempre disponibles, ya que pueden surgir razas agresivas del parásito). Las plantas ya crecidas son más resistentes que las plántulas. Obviamente, las medidas sanitarias (eliminación de material contaminado, control de malas hierbas, etc.) también ayudan. Algunos fungicidas y esterilizantes de suelo pueden dar un buen control, aunque caro.

Otros hongos de esta clase que causan daños a la agricultura son: Spongospora subterranea, que provoca la sarna pulverulenta de la patata (una enfermedad que afea bastante a los tubérculos, y que no debe confundirse con la sarna común, provocada por estreptomicetos), y Polymyxa graminis, que causa diversas enfermedades en las raíces de cereales y otras gramíneas. Estos hongos pueden ser vectores de virus.

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