La clasificación de este taxon ha sufrido muchos vaivenes. Consta de una clase, Labyrinthulomycetes (o Labyrinthulea, si empleamos la nomenclatura zoológica).

Su principal característica es la formación de una red mucosa extracelular producida por unos orgánulos celulares, los botrosomas. El orden Labyrinthulales (nom. zool.: Labyrinthulida) forma grandes redes en las que quedan inmersas las células, mientras que el o. Thaustochytriales (nom. zool.: Thaustochytriida) forma redes pequeñas, que no envuelven a las células. Se ha propuesto un tercer orden, Amphitremida, con especies de amebas mixotrofas que encierran en sus células algas del género Chlorella.

Las especies Labyrinthula zosterae y L. macrocystis pueden provocar un gran declive de las poblaciones de la planta Zostera marina, que forma praderas en los fondos marinos. Otras especies son saprofitas, pero también hay parásitos necrótrofos de animales marinos.

Aquí puede verse la posición de estos organismos en el Árbol de la Vida. Y aquí está el enlace a su página en la Wikipedia.

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