La clasificación de los hongos ha cambiado mucho en las últimas décadas. Tradicionalmente, los seres vivos se incluían en dos reinos, Animal (estudiado por los zoólogos) y Vegetal (por los botánicos). Los hongos pertenecían a este último, dentro del subreino Talobionta (las talofitas, o plantas con talo). Se creía que descendían de algún grupo de las algas rojas (rodofíceas). Se agrupaban del siguiente modo (tomado de un libro de texto clásico: La III edición en español de El reino Vegetal, de Scagel et al., traducida en 1980):

• División Myxomycota: Mixomicetos y organismos afines. Son hongos fagocíticos, sin pared celular, y que en algunas fases de su vida recuerdan a las amebas. Incluía a las clases Myxomycetes (los mohos del fango verdaderos, formadores de plasmodios, así como algunos grupos parásitos de plantas), Acrasiomycetes (forman pseudoplasmodios por agrupación de amebas) y Labyrinthulomycetes (forman redes mucosas, y suelen ser marinos).
• D. Eumycota: Hongos verdaderos, habitualmente filamentosos y que se alimentan por absorción:
• Clase Phycomycetes: Ficomicetos. Son hongos con el micelio no tabicado. Aquí se incluían tanto grupos de hongos con esporas flageladas (ej.: oomicetos), como otros que no las presentaban (ej.: zigomicetos).
• Cl. Ascomycetes: Ascomicetos. Son hongos con micelio tabicado. La cariogamia y meiosis ocurren en unas células denominadas ascos.
• Cl. Basidiomycetes: Basidiomicetos. Hongos con micelio tabicado. Cariogamia y meiosis ocurren en los basidios.
• Cl. Deuteromycetes: Hongos imperfectos. Su micelio es tabicado, y no presentan reproducción sexual.

En 1969, Whittaker propuso un sistema de clasificación de los seres vivos en 5 reinos. En la base figuraba el reino Monera, donde se incluían todos los organismos procariotas, es decir, sin núcleo celular (bacterias, actinomicetos, micoplasmas, algas azules, etc.). Los otros reinos estaban integrados por organismos eucariotas (con células complejas, que presentan núcleo, mitocondrias, etc.). Los eucariotas más sencillos, de cuerpos menos complejos, se incluían en el reino Protista. Los eucariotas complejos se separaban en 3 reinos: Plantae (vegetales), que realizan la fotosíntesis; Animalia (animales), que se alimentan por ingestión y Fungi (hongos), que se alimentan mediante absorción. La clasificación de este último reino que aparece en la VII edición del Dictionary of the Fungi (1983) es:

• División Myxomycota. Como se ve, los mixos y afines se seguían considerando una división bien distinta del resto de los hongos. Se distinguían 7 clases: Protosteliomycetes, Ceratiomyxomycetes, Dictiosteliomycetes, Acrasiomycetes, Myxomycetes, Plasmodiophoromycetes y Labyrinthulomycetes.
• D. Eumycota: Aquí iban los considerados como hongos verdaderos.
• Subdivisión Mastigomycotina: Hongos con micelio no tabicado y zoosporas (esporas móviles). Incluye 3 clases: Chytridiomycetes, Hyphochytriomycetes y Oomycetes. El resto de subdivisiones de Eumycota presentan esporas no flageladas.
• SubD. Zygomycotina: Hongos con micelio no tabicado. Incluye 2 clases: Zygomycetes y Trichomycetes. En las clasificaciones anteriores, los hongos de esta subdivisión y la anterior aparecían unidos en la clase Phycomycetes; sin embargo, no están emparentados; el parecido es pura coincidencia (aunque en algunos libros cuyos autores se limitan a copiar (o contextualizar, como se dice ahora) las obras de otros se siga hablando de «ficomicetos»).
• SubD. Ascomycotina. Este grupo de hongos es el más abundante y complejo, y su clasificación interna estaba sometida a revisión en aquella época (y en la actual, dicho sea de paso). Los taxónomos preferían, de momento, no agrupar los órdenes en clases.
• SubD. Basidiomycotina. Incluía 4 clases: Hymenomycetes, Gasteromycetes, Urediniomycetes y Ustilaginomycetes.
• SubD. Deuteromycotina. Se distinguían 2 clases: Hyphomycetes y Coelomycetes.

Algunos autores elevaban la SubD. Mastigomycotina a la categoría de división, ya que estos hongos parecían muy distintos al resto de Eumycota. Pero hubo que esperar al uso intensivo de la taxonomía molecular para que las relaciones entre los distintos grupos de hongos empezaran a quedar claras.

La comparación de diversas moléculas (por ejemplo, ARN ribosomal 12S) ha permitido trazar árboles filogenéticos bastante precisos entre seres vivos. En muchos casos, han confirmado las teorías de los taxónomos clásicos, mientras que en otras han supuesto auténticas sorpresas. Una de ellas es que el sistema de 5 reinos es demasiado simplista, sobre todo a nivel de protistas. La diversidad en la vida es mucho mayor de lo que se creía. Actualmente se considera que los seres vivos deben agruparse en 3 dominios, más que en 5 reinos. No entraremos aquí en detalles, para no resultar prolijos. Respecto a los hongos, he aquí la clasificación que aparece en la VIII edición del Dictionary (1995):

En primer lugar, los organismos que estudian los micólogos, y que conocemos como hongos, no constituyen un grupo monofilético (descienden todos de un antepasado común), sino polifilético (descienden de antepasados diferentes; las semejanzas se deben a convergencia evolutiva, no a un origen común). De hecho, los organismos que los micólogos hemos considerado hongos se situaron en 3 reinos diferentes:

• Reino Protozoa: Protozoos. Es un reino que incluye a seres tan conocidos como los paramecios o las amebas. Casi todos los integrantes de la antigua división Myxomycota se agrupan aquí. Son organismos que no presentan pared celular y se alimentan por fagocitosis. Se distinguían 4 filos (obsérvese cómo ya se prefiere usar el término filo al de división, típico de los botánicos). Muchos autores, como Alexopoulos et al. (1996), dudaban que los distintos grupos de hongos ameboides fueran monofiléticos:
• Filo Acrasiomycota.
• F. Dictiosteliomycota.
• F. Myxomycota.
• F. Plasmodiophoromycota.
• Reino Chromista: Incluye a protistas con mitocondrias de crestas tubulares y con células cuyos flagelos presentan una especie de pelillos adosados llamados mastigonemas. Aquí se pueden encontrar las algas pardas, las diatomeas... y algunos hongos, que en realidad descienden de algas que han perdido la clorofila. En general, las paredes celulares de estos seres no presentan quitina ni glucanos. Alexopoulos et al. (1996) denominan a este reino Stramenopila. Se distinguían 3 filos:
• F. Hyphochytriomycota.
• F. Labyrinthulomycota. Obsérvese que estos hongos se relacionaban antes con los mixomicetos…
• F. Oomycota.
• R. Fungi: Son los hongos verdaderos, con paredes celulares de quitina y glucanos. Están más emparentados con los animales que con las plantas. Se incluyen 4 filos. Los hongos imperfectos o mitospóricos (asexuales) ya no constituyen un grupo aparte, sino que se conectan con grupos ya existentes:
• F. Chytridiomycota. Incluye a los quítridos, que antes se situaban en Mastigomycotina por la presencia de esporas flageladas. No obstante, el parecido es pura coincidencia...
• F. Zygomycota.
• F. Ascomycota. Se sigue sin agrupar los órdenes en clases.
• F. Basidiomycota. Sólo se distinguen 3 clases, que corresponden a las 3 grandes líneas evolutivas en estos hongos: Basidiomycetes (setas, yesqueros, hongos gelatinosos, gasteromicetos...), Teliomycetes (royas) y Ustomycetes (carbones).

La IX edición del Dictionary (2001) muestra pocos cambios respecto a la VIII. Se sigue manteniendo el uso de estos 3 reinos, aunque los avances en Taxonomía Molecular han permitido precisar y modificar algunos puntos:

• Reino Protozoa. Ahora sólo se distinguen 3 filos. Dictyosteliomycota se convierte en una clase dentro de Myxomycota. Además, el filo Acrasiomycota resulta ser más complejo de lo que parecía en principio.
• Reino Chromista. Se mantienen los tres filos de la VIII edición.
• Reino Fungi. Se mantienen los 4 filos. De nuevo, y gracias a los últimos avances en la investigación, se pueden proponer clases dentro de Ascomycota.

La X edición del Dictionary (2008) profundiza en los cambios de la anterior. La taxonomía molecular nos permite conocer cada vez mejor las relaciones entre organismos. En el caso de los "hongos" del reino Protozoa se emplea la nomenclatura zoológica en vez de la botánica en filos, clases y órdenes. En el reino Fungi se consolida el nuevo filo Glomeromycota, que agrupa a las endomicorrizas vesículo-arbusculares. También se incluyen en Fungi los microsporidios (Microsporidia), aunque su situación taxonómica es algo incierta. Además, algunos taxones son reubicados, como los Trichomycetes, que antes pertenecían a Zygomycota. Ahora se cree que se trata de un grupo polifilético, parte de cuyas familias pertenecen al reino Protozoa. También hay cambios en el rango taxonómico de diversos taxones de Ascomycota y Basidiomycota.

Y las cosas han seguido cambiando desde 2008. La taxonomía fúngica, gracias a los últimos avances, está en constante flujo. Por desgracia, no hay acuerdo entre los distintos autores a la hora de delimitar taxones. La verdad, da un poco de miedo ver la carnicería que han hecho con algunos grupos, tal como se muestra en la correspondiente página de la Wikipedia. Sobre todo, llama la atención la escabechina entre los quítridos y los zigomicetos.

En cuanto a Protozoa y Chromista, la delimitación de reinos dentro de los eucariotas varía según el autor consultado, y está cambiando en los últimos años. En fin, comentaremos todas estas modificaciones en las páginas de los respectivos grupos.

En la Figura superior aparece un cladograma simplificado donde grosso modo se muestra la filogenia de los seres vivos. Los grupos fúngicos (estamos hablando de "hongos" en sentido amplio) se resaltan en rojo. Por supuesto, este esquema no es inamovible; de hecho, ha tardado poco en quedarse algo anticuado. Parece que esos cuatro grandes clados dentro de los eucariotas podrían agruparse en dos y... En fin, daremos más detalles en la página de los principales grupos de hongos y organismos similares. Procuraremos irla actualizando conforme vayan surgiendo novedades en su clasificación.

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